En 1966, un rapport du Nova Scotia University Grants Committee détermine que le Collège, dans son état actuel, n'est plus viable. On se questionne sur l'avenir de l'institution, notamment sur son emplacement géographique. On cible Yarmouth pour un éventuel déménagement même si cette suggestion va à l'encontre de l'avis du supérieur du Collège, le père Raymond LeBlanc.
Les tensions montent, et le 5 décembre 1968, les étudiants déclarent la grève dans le but d'empêcher le gouvernement provincial de déménager le Collège. Rare parmi les manifestations étudiantes de cette époque, la grève à Sainte-Anne réussit à mobiliser la communauté dans son ensemble; les politiciens locaux, les élèves des écoles secondaires et leurs parents, les associations étudiantes d'autres universités néo-écossaises, tous viennent à l'appui des grévistes.
Le 10 décembre, les grévistes font un « coup d'éclat » : ils brûlent en effigie Normand Belliveau, un médecin originaire de l'Anse-des-Belliveau, ancien du Collège et membre du University Grants Committee de la province, qui a indiqué son appui au déménagement. Les examens sont annulés et les étudiants partent en vacances le 13 décembre, cinq jours avant la date prévue.
Le ministre de l'Éducation réussit finalement à désamorcer la crise avec l'annonce d'une commission d'enquête sur l'avenir du Collège. Après maintes péripéties, dont une proposition de déménagement à Meteghan, le nouveau gouvernement provincial de Gerald Regan, élu en 1970, accepte de garder Sainte-Anne à la Pointe.
La grève de 1968 a aussi été un évènement formateur pour toute une génération de porte-parole de l'Acadie de la Nouvelle-Écosse. Parmi ceux qui, comme étudiants, sont « montés aux barricades » pour Sainte-Anne, on retrouve : Gérald Comeau (futur député fédéral et sénateur), Guy LeBlanc (futur ministre de l'Éducation) ainsi que Gilles LeBlanc et Paul Comeau (futurs présidents de la Fédération acadienne de la Nouvelle-Écosse).
