Depuis la fondation de l'institution en 1890 jusqu'en 1931, les supérieurs du Collège Sainte-Anne sont des Eudistes originaires de France. Les premiers supérieurs acadiens sont les pères Omer LeGresley, Jules Comeau et Wilfrid Haché.
Le père Omer LeGresley, supérieur de 1931 à 1937, a la réputation d'être un homme agréable et conciliant. Son supériorat correspond à des années de grande pauvreté et on doit chercher à économiser là où on peut. Il paraît que le supérieur fait même ajuster, dans le plus grand secret, la puissance des lampes électriques de la salle d'étude afin d'économiser quelques sous. Le père LeGresley entame aussi des campagnes de recrutement plus intenses qui se concentrent surtout sur les États-Unis. Les inscriptions diminuent entre 1931 et 1934, mais l'année 1936 connaît une augmentation si importante qu'on doit ajouter une rangée de lits dans le dortoir. Les activités de recrutement déployées par le père LeGresley seront poursuivies par ses successeurs.
Supérieur entre 1937 et 1943, le père Jules Comeau est lui aussi reconnu pour ses efforts de recrutement, notamment au Québec et en Nouvelle-Angleterre, ainsi que pour la promotion publique de l'institution. Tout en étant autoritaire, le père Comeau fait preuve d'une grande générosité et d'une vive sensibilité. Les années de guerre bouleversent toutefois la vie étudiante. Le père Maurice LeBlanc, diplômé de 1944, se souvient que, pendant la guerre, on avait éliminé certains jours de vacances afin que les élèves américains soient en mesure de terminer l'année scolaire. Dès leur retour aux États-Unis, on craignait qu'ils ne soient enrôlés dans l'armée et donc incapables de reprendre leurs études au Canada.
