Manquant de ressources humaines et financières, les pères eudistes sont contraints, huit décennies après la fondation du Collège Sainte-Anne, de se retirer de son administration. Le 21 juin 1971 a lieu la cérémonie de « passassions des pouvoirs ».
La laïcisation repose sur le principe que les directeurs ont le droit de nommer leurs successeurs en vertu de la charte universitaire. Les directeurs en poste de la Corporation des directeurs du Collège Sainte-Anne se réunissent : il s'agit des pères Renaud Côté, Blaise Corrivault, René LeBlanc et Claud Côté, de même que des messieurs Gérard d'Entremont et René LeBlanc. Ils adoptent une résolution pour nommer le père Léger Comeau et les messieurs Louis R. Comeau, Désiré Boudreau et William Deveau, membres-directeurs du Collège Sainte-Anne. Avec la démission des anciens directeurs, le Collège devient officiellement une nouvelle corporation. Désiré Boudreau est nommé président des Directeurs pour une durée d'un an et Louis R. Comeau, un ancien professeur de physique à Sainte-Anne qui est devenu député à Ottawa, est nommé le premier « président » laïc de l'institution.
S'entame alors une importante période de réorganisation et de réorientation de l'institution. On cherche d'emblée l'accréditation des programmes et l'amélioration des services étudiants. En 1974, le poste de président du Collège change à celui de recteur du Collège. En 1976, on se questionne sur le nom de l'institution. Depuis la laïcisation, le Collège était agréé par la Commission des Collèges et des Universités du Canada, ce qui lui a officiellement donné le titre d'université. Même si selon la charte originelle, le Collège porte le nom de « Saint-Ann's College », on peut alors employer le terme « université ». La désignation de l'institution change officiellement le 30 juin 1977, grâce à un projet de loi privé. Le communiqué de presse explique tout simplement : « Sous sa nouvelle appellation, l'Université Sainte-Anne veut refléter publiquement une image conforme à son mandat auprès de la population néo-écossaise et canadienne. »
