Le Collège Sainte-Anne est fondé à l'été 1890. À cette époque, que l'on qualifie de « Réveil acadien », les Acadiens de la Baie Sainte-Marie, comme ceux d'ailleurs, commencent à s'identifier comme peuple. Les premières conventions nationales acadiennes, dont celle de Pointe-de-l'Église en 1890, réveillent la conscience de l'élite, et les besoins pressants pour l'épanouissement du peuple, notamment en matière d'éducation, se font sentir.
À la Baie Sainte-Marie, le projet de fonder un collège qui honorerait le père Sigogne germe cependant quelques années auparavant. En 1883, deux curés de la région, les pères Alphonse Parker et Jean-Marie Gay, communiquent leur désir de mettre sur pied une institution d'éducation pour les Acadiens. Mgr O'Brien entreprend dès lors des démarches difficiles. En dépit de multiples refus de la part des congrégations religieuses du Canada, on demeure optimiste. Le père Parker lance même, en juillet 1889, une campagne de souscription. En 1890, les demandes répétées portent fruit et les Eudistes acceptent la charge.
Les deux fondateurs du collège, les pères Blanche et Morin, reçoivent le mandat de fondation en août 1890. Les travaux de construction débutent le 13 octobre 1890 et les habitants de la région y prêtent main-forte. En novembre 1890, le Collège accueille ses premiers élèves dans le presbytère où loge le père Blanche.
C'est lors de la cérémonie de la pierre angulaire, le 7 mai 1891, que le père Blanche déclare publiquement qu'il souhaite que le collège porte le nom de Sainte-Anne plutôt que celui de Sigogne. L'édifice accueille ses premiers élèves en novembre 1891. La charte, qui accorde à l'institution le droit de conférer des grades, est adoptée le 30 avril 1892.
