La musique est un art d'agrément que l'on favorise au Collège, en dépit des difficultés financières des premières années. Avant la fondation de la Fanfare, on fait notamment venir des musiciens des paroisses pour souligner des événements importants. La Fanfare du Collège Sainte-Anne est créée en 1892 et, après plus de 100 ans, elle occupe encore une place importante dans le patrimoine musical et culturel de la Baie Sainte-Marie. Elle doit son existence au don généreux d'un ensemble d'instruments de la part de l'école Saint-Jean, une institution française située à Versailles et dirigée par les Eudistes. En raison du manque d'élèves, la première fanfare est composée de collégiens et de gens des villages environnants.
Les frais d'inscription se chiffrant à deux dollars par année scolaire, le recrutement des collégiens se fait assez aisément. Ces derniers gravitent vers cette activité qui leur permet d'échapper à la monotonie de la routine journalière et des études. Au fil des ans, la fanfare du Collège portera plusieurs noms, dont Church Point Brass Band ou l'Harmonie Sainte-Cécile, et elle connaîtra aussi de nombreux directeurs, y compris les pères Nio, Paulin, Kennedy, Larouche, de même que le père Robert Simard, pour n'en nommer que quelques-uns. C'est par ailleurs le père Nio qui aurait écrit la musique d'accompagnement pour la pièce « De Notre Collège ». Une version facétieuse de cette pièce aurait été composée par les étudiants dans les années 1940.
Dans les années 1960, deux pères suivent des cours de musique instrumentale au Conservatoire de Toronto pour mieux appuyer les besoins de la Fanfare. Sous la gouverne du père Renaud Côté, la Fanfare du Collège devient la Fanfare régionale de Clare, un retour du balancier qui rappelle ses premières années d'existence. Le père Maurice Leblanc en est le directeur pendant plusieurs années et la directrice actuelle est Lisette Sieberath.
