La vocation du Collège Sainte-Anne est imprécise à ses débuts. Souhaite-t-on fonder une école anglaise ou française? Une école classique ou commerciale? S'adresse-t-on à des élèves laïques ou devrait-on fonder un noviciat pour former des prêtres? Les avis sont partagés. D'après Mgr O'Brien, il faut fonder un collège où on enseigne aussi l'anglais. Selon le journal L'Évangeline, l'institution devrait servir de monument à la mémoire de Sigogne, elle est surtout destinée aux Acadiens et on devrait y enseigner en français. On doit ainsi concilier les intérêts des fondateurs et les besoins de la communauté dans la préparation d'un programme académique.
En 1891, il coexiste donc au Collège trois cursus ou « cours » : un cours classique, un cours commercial et un cours scientifique. Les trois « cours » ont des éléments communs, telles la grammaire française et anglaise, l'histoire et la géographie. Dans le cours commercial, qui occupe le premier rang dans le prospectus, on offre des leçons portant sur la comptabilité, la télégraphie et la sténographie. Le cours scientifique s'adresse aux jeunes se destinant à la marine. On y offre donc des cours de trigonométrie et des cours portant sur les traités de navigation.
Instauré au Collège dès 1891, le cours classique adopte la devise suivante : « Élever et développer l'intelligence par la culture des lettres et des sciences; former le cœur, le caractère, la conscience par les habitudes de la vertu; faire des hommes en faisant des chrétiens ». Le cursus s'échelonne sur huit ans et comprend les matières suivantes : Éléments latins, Syntaxe, Méthode, Versification, Belles-lettres, Rhétorique, Philosophie I, Philosophie II. Les élèves s'y inscrivent parfois en mi-parcours après avoir fréquenté les écoles publiques de langue anglaise de la région. Le cours classique de Sainte-Anne prend un certain temps à se régulariser. Alors que le père Dagnaud y apporte de nombreux changements, c'est sous la gouverne du père Chiasson (1908-1917) que le programme devient conforme aux cours classiques des collèges du Québec.
Le recrutement des professeurs est particulièrement difficile au cours des premières années et les renforts de France se font rares. Le père Blanche a alors recours à des moyens novateurs, y compris l'embauche de membres du clergé autres qu'Eudistes dont des prêtres séculiers, de jeunes séminaristes ou de professeurs laïcs qu'on peine à payer.
