Le 15 janvier 1899, un incendie déclenché dans la cuisine du Collège rase ce dernier complètement. La lettre du père Blanche à son général, qu'il rédige le jour de l'incendie, témoigne du choc provoqué par l'événement dévastateur : « Mon Dieu! Qu'allons-nous devenir? Qu'allons-nous faire? Lorsque le presbytère fut brûlé, nous pûmes, dès le lendemain, continuer notre œuvre; mais aujourd'hui tout est détruit, tout est à recommencer et dans des conditions plus difficiles qu'au début. »
Toutefois, à peine dix jours après l'incendie, le père Blanche annonce son désir de reconstruire le Collège. Avec l'appui de la population acadienne de la région et de l'élite politique et professionnelle de la province, on se regroupe le 24 janvier 1899 pour planifier la reconstruction de l'institution. Une question se pose cependant : où devrait-on reconstruire? On propose plusieurs endroits, dont Meteghan, Weymouth et Yarmouth. Les pères choisissent finalement de rebâtir sur place puisque c'est à Pointe-de-l'Église qu'ils avaient été appelés en 1890.
La reconstruction ne se fera pas sans embûches. Bien que l'édifice ait été assuré, les compagnies d'assurance ne remboursent qu'un tiers des coûts de reconstruction. On lance alors une campagne de souscriptions. Le fantôme de Sigogne est aussi évoqué dans la saga de la reconstruction : on souligne son 100e anniversaire le 15 août 1899 et on en profite pour organiser une convention de deux jours dans le but de recueillir des fonds pour le Collège.
Le rôle que jouent les Acadiens dans la reconstruction du Collège est tout à fait impressionnant. Ce sont eux qui fournissent le bois de charpente et la main d'œuvre nécessaires à la reconstruction de l'imposant édifice qui porte maintenant le nom de Gustave-Blanche. L'anecdote voudrait que le plan de l'édifice soit né d'un tableau présenté aux pères par un peintre inconnu. On fait alors venir Léo Melanson, un ouvrier doué mais analphabète, à qui on souhaite accorder la tâche de superviser les travaux en s'inspirant du tableau. Après trois jours de réflexion, il accepte le défi et le tableau mystère prend vie. On soupçonne que le peintre inconnu soit l'architecte canadien William Critchlow Harris, qui aurait été de passage à Digby en février 1899.
Même si les travaux sont incomplets, la rentrée a lieu le 2 septembre 1899 avec un nouveau supérieur, le père Dagnaud, qui succède au père Blanche.
