Depuis la fondation du Collège, les sports constituent une partie intégrale de la vie étudiante. Dans la routine des premières années, les élèves disposent, en plus de deux jours de congé par semaine, de trois heures de récréation par jour. Pendant ces périodes, ils sont tout de même tenus à participer à des activités obligatoires organisées sur le terrain de récréation et à l'intérieur. Les pères eudistes sont persuadés que l'activité physique est utile au développement intellectuel et moral des enfants. La seule façon dont un élève peut éviter les activités sportives est de se procurer un billet signé par le Préfet!
Les sports les plus populaires de l'époque sont le hockey et le baseball. Les années où les inscriptions au Collège augmentent, on organise plusieurs joutes parallèles afin de répondre aux exigences du « jeu obligatoire ». Le hockey occupe une place de choix au Collège en 1908-1909, alors que les collégiens disputent un des premiers matchs contre l'équipe, nouvellement constituée, du club St-Ambroise de Yarmouth. Il paraît d'ailleurs que les collégiens de Meteghan forment à l'époque le noyau fort des joueurs de baseball tandis que les élèves venus du Québéc s'imposent au hockey, surtout dans les années 1940.
D'autres sports font aujourd'hui partie de la culture sportive de Sainte-Anne, notamment le badminton, le volleyball et le cross-country. Pendant les années 1990, les équipes de l'Université concurrencent dans la ligue de l'Association du sport collégial de la Nouvelle-Écosse, qui deviendrait l'Association atlantique du sport collégial. L'équipe de badminton et les équipes masculine et féminine de volleyball ont remporté un total de dix championnats au cours de la décennie de 1990. De fait, on parle même d'une dynastie de volleyball féminin, l'équipe de Sainte‑Anne ayant remporté quatre championnats consécutifs entre 1997 et 2000. Plus récemment, l'équipe de badminton a remporté le championnat de la ligue au terme de la saison 2007-2008.
