Les difficultés financières des premières années pèsent lourd sur les pères fondateurs. La fondation d'une académie commerciale en 1894 avait pour but d'assurer un certain financement de la part du gouvernement provincial. La présence de cette « Academy » transforme cependant la dynamique du Collège et menace le cours classique : l'enseignement s'y donne en anglais et la qualité est assurée par un inspecteur nommé par la province. De plus, l'Académie est une institution publique, de sorte que les filles pourraient y être admises. Cette éventualité inquiète le père Blanche qui aurait demandé au surintendant de l'éducation le pouvoir de refuser les filles pour les confier à une congrégation religieuse féminine qui enseigne dans la région. Le surintendant lui répond qu'il ne comprend pas la demande. Le Collège Sainte-Anne prépare néanmoins les élèves qui le souhaitent à l'examen d'entrée de l'Académie.
La coexistence de l'Académie et du programme classique est pour le moins difficile. L'Académie est, à toutes fins pratiques, une institution autonome hébergée au Collège de sorte qu'elle est dotée de son propre directeur. Certains de ces « principaux » laïques se prononceront par ailleurs publiquement contre le Collège, créant ainsi des tensions entre l'Académie et les pères eudistes. Dès 1895, le père Blanche décrit l'Académie comme un mal qu'on doit supporter en dépit des inconvénients. On lui attribue d'ailleurs la plainte : « Quand donc serons-nous maîtres chez nous? »
Dès 1895, l'objectif est de se débarrasser de l'Académie tout en assurant le maintien du Collège. La tâche revient au père Dagnaud, successeur du père Blanche et supérieur du Collège de 1899 à 1908. Reconnu pour sa grande intelligence et sa formation pédagogique, il souhaite que le Collège soit davantage intégré au milieu acadien en dispensant une éducation de langue française qui serait à l'écoute des besoins de la communauté. C'est sous sa gouverne qu'on consolide le programme classique et qu'on élimine l'Académie en 1904.
